Η Νάξος κατοικείται αδιάκοπα από το τέλος της 4ης χιλιετίας π.Χ. μέχρι σήμερα. Εδώ σύμφωνα με τη μυθολογία γεννήθηκε και μεγάλωσε ο Διόνυσος, ο θεός του κρασιού και της μέθης. Στη Νάξο ανατράφηκε επίσης ο Ζευς, ο πατέρας των θεών των αρχαίων Ελλήνων, παρ'όλο που γεννήθηκε στην Κρήτη. Σε αυτόν οφείλεται και το όνομα του πιο ψηλού βουνού του νησιού, τον Ζα (1004 μέτρα). Εδώ εγκατέλειψε ο Θησέας επιστρέφοντας από την Κρήτη, την Αριάδνη, την κόρη του Μινωα, η οποία τον είχε βοηθήσει να σκοτώσει το Μινώταυρο.
Οι ανασκαφές τα τελευταία 40 χρόνια έχουν φέρει στο φως μεγάλο αριθμό αρχαιολογικών χώρων (Γρόττα, Πλίθος στη Χώρα, Απλώματα, Πάνορμος, Πύθος, Σαγκρί, Μελανές, Ύρια, Τσικαλαριό κλπ.) και σημαντικών ευρημάτων, τα περισσότερα από τα οποία βρίσκονται στο Αρχαιολογικό Μουσείο της Νάξου.
Στο αρχαιολογικό Μουσείο της Νάξου εκτίθενται έργα τέχνης και αντικείμενα καθημερινής χρήσης που χρονολογούνται από τα νεότερα νεολιθικά έως τα παλαιοχριστιανικά χρόνια (5300 π.Χ. - 5ος αι. μ.Χ.)
Από το 1973 το αρχαιολογικό μουσείο Νάξου στεγάσθηκε στο κτίριο που στέγαζε την εμπορική σχολή, ανάμεσα στους μαθητές της οποίας συγκαταλέγεται και ο Ν. Καζαντζάκης. Είναι ένα κυρηγμένο ιστορικό μνημείο, που χτίστηκε στην περίοδο από το 1600 - 1800 και αποτελεί ένα επιβλητικό δείγμα της αρχιτεκτονικής που αναπτύχθηκε στη Νάξο κατά την ακμή την οποία γνώρισε το νησί στο διάστημα της φραγκοκρατίας.
Στις συλλογές του αρχαιολογικού Μουσείου Νάξου περιλαμβάνονται αξιόλογα ευρήματα, ιδιαίτερα της πρωτοκυκλαδικής περιόδου (3200 - 2300 π.Χ.) αλλά και από τις παλαιότερες φάσεις των ιστορικών χρόνων, πολλά από τα οποία είναι μοναδικά. Επίσης υπάρχουν χαρακτηριστικά δείγματα κεραμικής και πήλινων ειδωλίων από τους αρχαϊκοούς (7ος - 6ος αι. π.Χ.), κλασικούς (5ος - 4ος αι. π.Χ.), ελληνιστικούς (3ος - 1ος αι. π.Χ.) χρόνους και ρωμαϊκούς (1ος π.Χ. - 2ος αι. μ.Χ.) χρόνους.Από τη ρωμαϊκή εποχή εκτός από τα κεραμικά υπάρχει και μια μεγάλη, ιδιαίτερα ενδιαφέρουσα συλλογή γυάλινων αγγείων, ενώ η αρχαϊκή γλυπτική αντιπροσωπεύεται με σημαντικά γλυπτά.